馬來西亞獨立前馬來亞地區的歷史可以按照外界影響的主要因素分為四個階段：

• 在第一個階段中從印度來的印度教文化占支配作用，從蘇門答臘起家的三佛齊是這個階段的頂峰階段，從7世紀至14世紀它統治者馬來文化的大部分地區。
• 第二階段從伊斯蘭教的到達開始。伊斯蘭教是於10世紀到達馬來亞地區的，並逐漸擴散到馬來半島-印度尼西亞的大多數地區。三佛齊覆滅後這個地區分裂為眾多小的蘇丹國，其中最重要的是馬六甲蘇丹國。伊斯蘭文化對馬來人影響深刻，但是同時也受到馬來人的影響。
• 第三個階段是歐洲殖民勢力的入侵。1511年葡萄牙佔領馬六甲，荷蘭和英國繼踵而至，建立了檳城和新加坡等基地。1824年的英荷條約分割英國與荷蘭在馬來亞地區的勢力圈，人為地將英屬馬來亞與荷屬東印度分開，後來荷屬東印度成為印度尼西亞。
• 歐洲殖民勢力同時也引入了第四個影響勢力：為了滿足其殖民經濟的需要大量中國和印度勞工移居到英占馬來半島和北婆羅洲。中國和印度移民成為經濟和職業上的支配勢力，對當地的馬來人造成巨大的威脅，馬來人甚至面臨自己的土地上成為少數民族的危險。

1942年至1945年日本佔領這個地區，給英國在東亞的勢力與以致命打擊。雖然日本佔領的時期相當短，但是它激起了馬來亞和其它地區的反殖民民族主義。馬來人的民族主義又激起了華人的反對。華人怕馬來人和伊斯蘭教的支配地位，許多華人因此參加馬來亞共產黨。在英國軍方的強烈鎮壓和馬來人和華人政治領袖的協商退讓下共產黨暴動被撲滅，1957年獨立的、多民族的馬來亞聯邦成立。
1963年英屬的新加坡和北婆羅洲加入聯邦，馬來亞更名為馬來西亞。1965年華人占多數的新加坡決定獨立。馬來西亞克服了這個危機，也克服了印度尼西亞-馬來西亞衝突的危機，但其內部的矛盾導致了1969年的種族衝突。馬來西亞進入緊急狀態，政治生活和國民自由受到限制，這個措施維持至今。從1970年開始馬來西亞全國巫人統一機構在華人和印度人領袖的協助下組成國民陣線，在馬來西亞幾乎達到一黨制的地步。
在巫統的統治下馬來西亞經濟發展巨大，1990年代幾乎達到已開發國家的水準。經濟的發展有助於削弱政治上的不和，但也掩蓋了政治上權利轉向馬來人的趨勢。在巫統不停的統治下華人對經濟的壟斷和印度人對職業的壟斷被打破。馬來人的商業和職業階層建立。馬來語成為學校里必修語言，系統的反歧視運動也對馬來人有利。雖然這些措施也導致了許多不滿，但是總的來說在這些措施下一個更完整的、多文化的社會產生了。

印度影響下的馬來亞
印度人最晚在公元前3世紀來到馬來語地區，印度商人在這裡購買這裡豐富的樹木和海產品，以及與同樣很早就到達這裡的中國商人進行貿易往來。1世紀時佛教和印度教在這裡均立足，並從這裡傳佈到整個群島。中國史書中從漢朝時就有對馬六甲的記載，7世紀時唐朝稱三佛齊為「室利佛逝」。

三佛齊到底在什麼地方至今未能考證，估計位於蘇門達臘東部某條河的入海口附近，有可能就是今天的巨港。三佛齊的國王統治著一個由蘇門達臘的濱海地區、馬來半島和婆羅洲所組成的、鬆散的海上王國達700年。部分時間里三佛齊也控制爪哇島部分地區，不過爪哇島上始終有對抗的國家不服從三佛齊的統治。三佛齊是一個商業國家，每年有中國和印度的艦隊到這裡來做生意，有時甚至有從日本、阿拉伯和伊朗的船隻到達。三佛齊最大的敵人是暹羅，暹羅多次試圖從北部政府三佛齊。三佛齊向中國進貢來贏得中國作為盟國，但從未受中國統治。

從10世紀開始三佛齊的勢力開始減弱。三佛齊不是中央集權的國家，10世紀中與爪哇的一系列戰爭影響了其商業發展，導致國力衰弱。11世紀開始一個被稱為馬來的勢力開始與三佛齊對抗。馬來可能位於今天的占碑省。與此同時伊斯蘭教的普及也削弱了信印度教的國王的勢力。最早皈依伊斯蘭教的地區如亞奇脫離了三佛齊的統治。13世紀末素可泰王國控制了馬來半島大部分地區。但直到14世紀三佛齊依然控制著它最富饒的部分。它的香木、海產品、金、錫、香料、臘和果乾在中國和在西方均非常暢銷。